Основные направления исследований, проводимых в ЦКП:
• Молекулярно-генетические механизмы адаптации микроорганизмов к экстремальным факторам среды, регуляция роста и развития микроорганизмов в экспериментальных условиях и природных экосистемах.
• Исследование видового и генетического разнообразия, универсальных черт, структурных и функциональных особенностей микроорганизмов природных и нарушенных углеводородами биогеоценозов.
• Природные микроорганизмы, селекция высокопродуктивных штаммов и создание устойчивых биокатализаторов, перспективных для получения новых фармакологически значимых соединений и биоремедиации загрязненных экосистем.
• Расширение профиля коллекции, поддержание и пополнение коллекционного генофонда, оптимизация способов хранения коллекционных культур, развитие службы информационного обеспечения, регулярная модернизация базы данных на основе современных информационных технологий.