Институт экологии и генетики микроорганизмов организован в 1988 году на базе Отдела селекции и генетики микроорганизмов Института экологии растений и животных Уральского научного центра АН СССР. Первым директором с 1988 по 2003 годы был академик Валерий Александрович Черешнев. В настоящее время в состав института входит 9 научных подразделений. В 2017 году Институт вошел в состав Пермского федерального исследовательского центра УрО РАН.
Пермский НИИСХ является старейшим на Западном Урале сельскохозяйственным научно-исследовательским учреждением. В 1913 году состоялось официальное открытие Пермской губернской сельскохозяйственной опытной станции, предназначенной, первоначально, для решения вопросов окультуривания бедных дерново-подзолистых почв Предуралья. Сохранение и повышение плодородия почвы - основного средства сельскохозяйственного производства остаются одним из главных направлений работы института до настоящего времени. После неоднократных преобразований и смены места положения в 1988 г. на базе опытной станции в с. Лобаново был создан научно-исследовательский институт сельского хозяйства. В 2017 г. институт вошел в состав ПФИЦ УрО РАН.