В феврале 2002 г. выездной Президиум УрО РАН принял решение об открытии в Перми отделов гуманитарных институтов РАН. Это было сделано для того, чтобы исправить исторически сложившийся перекос в тематике научных исследований РАН на Западном Урале. В марте 2003 был открыт Пермский отдел Института истории и археологии УрО РАН, в апреле 2004 г. преобразованный в Пермский филиал института. В марте 2013 г. Пермский филиал ИИиА УрО РАН был преобразован в Отдел истории, археологии и этнографии ПНЦ УрО РАН (ныне ПФИЦ УрО РАН).

Отдел был создан 12 октября 2003 г. – в этот день состоялось официальное открытие Пермского филиала по исследованию политических институтов и процессов Института философии и права УрО РАН – единственного за пределами Москвы академического центра политической науки. В 2013 г. произошла реорганизация академических учреждений, и филиал был преобразован в отдел по исследованию политических институтов и процессов Пермского федерального исследовательского центра Уро РАН.