Институт механики сплошных сред Уральского научного центра АН СССР образован в соответствии с постановлением Президиума АН СССР от 14 февраля 1980 г. № 249 путем реорганизации Отдела физики полимеров УНЦ АН СССР, который был создан как самостоятельное научное учреждение 1 июля 1971 года по решению Совета Министров СССР.

В настоящее время в состав института входит 11 лабораторий и 1 отдел.

В 2017 году Институт вошел в состав Пермского федерального исследовательского центра УрО РАН.

Институт технической химии был организован в 1985 году на базе Отдела химии Института механики сплошных сред УНЦ АН СССР. Основателем института и первым директором с 1985 по 2000 год был член-корреспондент РАН Клячкин Юрий Степанович.

В настоящее время в состав института входит 7 лабораторий.

В 2017 году Институт вошел в состав Пермского федерального исследовательского центра УрО РАН.

Горный институт организован одновременно с Уральским отделением РАН и Пермским научным центром в соответствии с постановлением ЦК КПСС и Совета министров СССР № 1088 от 26 сентября 1987 г. и постановлением Президиума Уральского отделения АН СССР 2-7 от 1 февраля 1988 г. на базе отдела рудничной аэрологии и геофизики Института геофизики УрО РАН и Кунгурского стационара Института геологии и геохимии имени академика А.Н. Заварицкого. В настоящее время в состав института входит 14 научных подразделений. В 2017 году Институт вошел в состав Пермского федерального исследовательского центра УрО РАН.

Институт экологии и генетики микроорганизмов организован в 1988 году на базе Отдела селекции и генетики микроорганизмов Института экологии растений и животных Уральского научного центра АН СССР. Первым директором с 1988 по 2003 годы был академик Валерий Александрович Черешнев. В настоящее время в состав института входит 9 научных подразделений. В 2017 году Институт вошел в состав Пермского федерального исследовательского центра УрО РАН.

Пермский НИИСХ является старейшим на Западном Урале сельскохозяйственным научно-исследовательским учреждением. В 1913 году состоялось официальное открытие Пермской губернской сельскохозяйственной опытной станции, предназначенной, первоначально, для решения вопросов окультуривания бедных дерново-подзолистых почв Предуралья. Сохранение и повышение плодородия почвы - основного средства сельскохозяйственного производства остаются одним из главных направлений работы института до настоящего времени. После неоднократных преобразований и смены места положения в 1988 г. на базе опытной станции в с. Лобаново был создан научно-исследовательский институт сельского хозяйства. В 2017 г. институт вошел в состав ПФИЦ УрО РАН.

Институт гуманитарных исследований УрО РАН создан в 2022 г. (Приказ № 244 от 24 марта 2022 г. «О внесении изменений в Устав ФГБУК ПФИЦ УрО РАН») на основе Отдела истории, археологии и этнографии (открыт в марте 2003 г.)  и Отдела по исследованию политических институтов и процессов (создан в октябре 2003 г.). Институт является обособленным структурным подразделением Центра.

Основной целью деятельности Института является актуализация и развитие фундаментальных исследований в области социо-гуманитарного знания через активное изучение историко-культурного наследия, реконструкцию этнокультурных региональных традиций, исследование политического самосознания, культурной и социальной идентичности населения региона и сопредельных территорий.

В декабре 2018 г. была создана междисциплинарная лаборатория агробиофотоники ПФИЦ УрО РАН, в состав которой вошли научные группы из различных областей знаний, в том числе микробиологи, генетики, специалисты в области фотоники, специалисты в области сельского хозяйства. Основным направлением деятельности лаборатории является всестороннее изучение процессов, происходящий в растениях под действием света различного спектрального состава. Одним из в скором времени ожидаемых результатов работы должны стать научно обоснованные рекомендации по использованию фитосветильников для досветки сельскохозяйственных культур и модели таких светильников.

В феврале 2002 г. выездной Президиум УрО РАН принял решение об открытии в Перми отделов гуманитарных институтов РАН. Это было сделано для того, чтобы исправить исторически сложившийся перекос в тематике научных исследований РАН на Западном Урале. В марте 2003 был открыт Пермский отдел Института истории и археологии УрО РАН, в апреле 2004 г. преобразованный в Пермский филиал института. В марте 2013 г. Пермский филиал ИИиА УрО РАН был преобразован в Отдел истории, археологии и этнографии ПНЦ УрО РАН (ныне ПФИЦ УрО РАН).